Bà đã nghiên cứu và cho ra đời thành công loại vaccine giúp hàng chục triệu trẻ em Việt Nam và nhiều nước khác thoát khỏi căn bệnh viêm não Nhật Bản cùng những biến chứng nặng nề của nó.
Tháng 2/1966 nhận nhiệm vụ, nữ sinh viên nhỏ bé chưa đầy 40kg nhanh chóng chuẩn bị hành trang rồi lên đường, bao gồm 2 bộ quần áo, 1 chiếc võng dù, chăn, 2 ruột nghé gạo, muối, cùng sách vở và chủng giống virus 3 loại bệnh kể trên. Ròng rã hành quân 2 tháng rưỡi, bà đã vượt Trường Sơn để nhận nhiệm vụ tại K15 thuộc Ban Dân y khu V (xã Trà Mai, huyện Nam Trà My, tỉnh Quảng Nam).
Tháng 2/1966 nhận nhiệm vụ, nữ sinh viên nhỏ bé chưa đầy 40kg nhanh chóng chuẩn bị hành trang rồi lên đường, bao gồm 2 bộ quần áo, 1 chiếc võng dù, chăn, 2 ruột nghé gạo, muối, cùng sách vở và chủng giống virus 3 loại bệnh kể trên. Ròng rã hành quân 2 tháng rưỡi, bà đã vượt Trường Sơn để nhận nhiệm vụ tại K15 thuộc Ban Dân y khu V (xã Trà Mai, huyện Nam Trà My, tỉnh Quảng Nam).
“Chiến trường” của bà lúc đó là một phòng thí nghiệm – thực chất là chiếc lán nhỏ được căng dù trắng, bọc nilon, cùng với những chiếc tủ ấm nuôi cấy vi sinh chạy bằng đèn dầu hỏa. Trải qua thời gian nghiên cứu với vô số lần bị địch ném bom, cháy phòng thí nghiệm, 3 loại vaccine tả, thương hàn và đậu mùa đã ra đời giữa mưa bom, bão đạn. Vaccine sau đó được đóng ống, dán nhãn, chuyển cung cấp cho đồng bào và chiến sĩ các vùng Quảng Nam, Quảng Ngãi sử dụng, góp phần từng bước đẩy lùi âm mưu sử dụng chiến tranh vi sinh của địch.
Sau 6 năm nghiên cứu và làm việc nơi chiến trường khu V, trải qua những trận sốt rét rừng tưởng không thể qua khỏi, những lần địch ném bom, rải chất độc hóa học, đầu năm 1972, GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên được Khu ủy khu V cho ra Bắc chữa bệnh. Sau khi điều trị bệnh và hồi phục sức khỏe, quay lại công tác tại Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, bà được lãnh đạo Viện cử đi học tại CHDC Đức.
Sau 6 năm nghiên cứu và làm việc nơi chiến trường khu V, trải qua những trận sốt rét rừng tưởng không thể qua khỏi, những lần địch ném bom, rải chất độc hóa học, đầu năm 1972, GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên được Khu ủy khu V cho ra Bắc chữa bệnh. Sau khi điều trị bệnh và hồi phục sức khỏe, quay lại công tác tại Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, bà được lãnh đạo Viện cử đi học tại CHDC Đức.
Thời điểm cuối những năm 80, số lượng trẻ mắc viêm não Nhật Bản tăng cao (chiếm tỷ lệ 70 – 75% số ca viêm não do virus). Đây là căn bệnh để lại di chứng rất nặng nề và trở thành gánh nặng suốt đời của chính người bệnh, gia đình và xã hội. Nếu không có vaccine, căn bệnh này khó có thể được thanh toán, loại trừ hoặc khống chế. Khi đó, một giáo sư người Nhật Bản công tác tại Việt Nam đã sốt sắng đề nghị Chính phủ Nhật Bản trợ cấp 2 suất học bổng để Việt Nam cử cán bộ sang nhận chuyển giao quy trình sản xuất vaccine viêm não.
Tháng 5/1989, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương cử GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên (khi ấy đang là Trưởng khoa Virus của Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương) và Cử nhân sinh học Đoàn Thị Thủy sang Nhật Bản để nhận chuyển giao công nghệ. “Khi ấy nước mình còn nghèo, kinh phí chúng tôi nhận không đáng bao nhiêu. Để tiết kiệm, chúng tôi còn mua mì tôm mang theo. Người Nhật Bản thấy ngày nào 2 chị em cũng ăn mì tôm thì thắc mắc: “Mì tôm Việt Nam ngon đến thế hay sao?”, GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên nhớ lại.
Vì kinh tế hạn hẹp nên GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên cùng đồng nghiệp chỉ có 1 tháng ở Nhật Bản để học chuyển giao quy trình gồm 28 công đoạn với kỹ thuật cao (trong khi khóa học tại Viện Biken thuộc Đại học Osaka kéo dài tới 12 tháng). Nhưng mang trong mình trọng trách của một nhà khoa học, trước khi lên đường GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên quyết tâm: “Đã đi là phải có thành quả”.
Với kinh nghiệm 2 năm từng là thực tập sinh được du học tại CHDC Đức, đã quen với lối sống và học tập khắc nghiệt, GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên tự tin bản thân mình có thể học tập, tiếp thu chuyển giao công nghệ một cách tối ưu nhất, dù chỉ trong thời gian ngắn. Tiếp tục áp dụng cách học tập là chăm chú lắng nghe và tỉ mỉ ghi lại từng chút như một thói quen, bà cứ thế ghi chép rất tỉ mỉ những lời chuyên gia Nhật Bản hướng dẫn vào cuốn tài liệu bằng tiếng Anh được phát, mà theo bà nếu chỉ làm theo cuốn tài liệu này thì sẽ không thể nên “cơm cháo” gì.
Trở về sau 1 tháng học tập không ngừng nghỉ, ngay lập tức GS.TS. Huỳnh Thị Phương Liên bắt tay vào công việc nghiên cứu vaccine phòng viêm não. Điều kiện cơ sở vật chất vô cùng thiếu thốn lúc bấy giờ cũng không thể làm lung lay quyết tâm của bà cùng các cộng sự.