Theo đó, Kế hoạch nhằm mục đích tiếp tục hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và kiện toàn cơ cấu tổ chức của Chính phủ khóa XV và khóa XVI bảo đảm tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả trên cơ sở tổ chức hợp lý các bộ đa ngành, đa lĩnh vực; phát huy đầy đủ vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ được Hiến pháp quy định nhằm xây dựng Chính phủ dân chủ, chuyên nghiệp, hiện đại, trong sạch, vững mạnh, công khai, minh bạch, phục vụ Nhân dân, tăng cường sự quản lý thông suốt từ Trung ương đến địa phương, trên cơ sở phân cấp, phân quyền hợp lý, đáp ứng yêu cầu xây dựng và hoàn thiện Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Đảng ủy Chính phủ, gồm ban chấp hành, ban thường vụ, bí thư, phó bí thư đảng ủy; ban thường vụ đảng ủy gồm Thủ tướng Chính phủ làm Bí thư, các Phó thủ tướng, một số thành viên Chính phủ và có thể bố trí một Phó bí thư chuyên trách; Bộ Chính trị chỉ định nhân sự ban chấp hành, ban thường vụ đảng ủy; quy định ban thường vụ đảng ủy thực hiện chức năng, nhiệm vụ như của ban cán sự đảng Chính phủ hiện nay.
Kết thúc hoạt động của các ban cán sự đảng, lập Đảng bộ các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ trực thuộc Đảng bộ Chính phủ gồm: ban chấp hành, ban thường vụ, bí thư, phó bí thư đảng ủy; ban thường vụ đảng ủy gồm Bộ trưởng làm Bí thư, các Thứ trưởng, Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ và 1 Phó bí thư chuyên trách; cấp có thẩm quyền chỉ định nhân sự ban chấp hành, ban thường vụ, bí thư, phó bí thư đảng ủy, quy định ban thường vụ đảng ủy thực hiện chức năng, nhiệm vụ như ban cán sự đảng các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ hiện nay.
Đối với các bộ, cơ quan ngang bộ: Duy trì 8 bộ, cơ quan ngang bộ (có sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy bên trong), gồm: Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Tư pháp, Bộ Công thương, Bộ VHTT&DL và VPCP, Thanh tra Chính phủ và NHNN Việt Nam.
Đối với các bộ, cơ quan ngang bộ: Duy trì 8 bộ, cơ quan ngang bộ (có sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy bên trong), gồm: Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Tư pháp, Bộ Công thương, Bộ VHTT&DL và VPCP, Thanh tra Chính phủ và NHNN Việt Nam.
1/ Hợp nhất Bộ KH&ĐT và Tài chính: Tên bộ sau khi sắp xếp dự kiến là Bộ Tài chính và Đầu tư hoặc Bộ Kinh tế phát triển.
2/ Hợp nhất Bộ TN&MT và Bộ KH&CN. Tên bộ sau khi sắp xếp dự kiến là Bộ Khoa học, Công nghệ và Chuyển đổi số hoặc Bộ Khoa học, Công nghệ, Chuyển đổi số và Truyền thông.
3/ Hợp nhất Bộ TN&MT và Bộ NN&PTNT. Tên bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Nông nghiệp và Tài nguyên, Môi trường.
4/ Hợp nhất Bộ TT&TT và Bộ KH&CN. Tên bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Khoa học, Công nghệ và Chuyển đổi số hoặc Bộ Khoa học, Công nghệ, Chuyển đổi số và Truyền thông.
5/ Hợp nhất Bộ LĐTB&XXH và Bộ Nội vụ thành Bộ Nội vụ và Lao động, chuyển chức năng quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp sang Bộ GD&ĐT, chuyển chức năng quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội sang Bộ Y tế.
6/ Bộ Y tế chủ động phối hợp với Ban Tổ chức T.Ư trong việc tiếp nhận một số nhiệm vụ của Ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe Trung ương (khi kết thúc hoạt động ban này). Đồng thời, dự kiến tiếp nhận quản lý nhà nước về: bảo trợ xã hội; trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội từ Bộ LĐTB&XH chuyển sang.