Ngoài ra, khi mực nước sông Hồng dâng lên gần hệ giàn thép (khoảng 8h ngày 10/9), có một tàu hút cát trôi tự do từ phía thượng nguồn sông Hồng đã va vào trụ, dầm cầu Yên Bái, làm ảnh hưởng đến chất lượng, an toàn công trình. Việc này cũng tác động đến hệ thống kết cấu, liên kết công trình.